Как известно, адмирал не был женат, у него не было детей. Не сохранилось никаких документов воспоминаний о нем и его родственников по линии дяди.
2 октября 1817 года Федор Федорович Ушаков скончался. Похоронил его живший с ним племянник, капитан-лейтенант Федор Иванович Ушаков, погибший впоследствии в Наваринском сражении (1827 г.).
В метрической книге Темниковского Спасо-Преображенского собора за 1817 год есть запись: «2 октября, адмирал и разных орденов кавалер, Федор Федорович Ушаков погребен соборне (торжественно) Лета 75. Болезнью натуральною. Исповедан и приобщен протоиреем Асинкритом Иоанновым».
Запись из церковной книги
Погребен Ушаков в Санаксарском монастыре.
На смерть Ф.Ф. Ушакова отозвалась лишь одна Петербургская газета «Северная почта». В кратком сообщении газета писала:
«Из Тамбова, от 12-го октября. Известный адмирал Федор Фёдорович Ушаков, толико прославившийся военными деяниями своими, сего октября, 2 числа, к общему сожалению, скончался в здешней губернии в Темниковском уезде. Погребение происходило 7-го числа. Могила Ф. Ф. Ушакова находится у северной стены монастырского собора».
Вырезка из газеты
Сотрудник морского музея В. Ильинский, посетивший могилу Ф. Ф. Ушакова в 1916 году, в своем очерке «Поездка на могилу адмирала Ф. Ф. Ушакова» («Морской сборник», № 6, 1916 г.) приводит выдержку из записок современника адмирала, настоятеля монастыря Нафанаила, датированных 1829 годом, и, очевидно, хранившихся в архиве монастыря: Адмирал Ушаков, сосед и знаменитый благотворитель Санаксарской обители, по прибытии своем из Петербурга около восьми лет вел жизнь уединенную в своем собственном доме, в своей деревне Алексеевке, расположенной от монастыря через лес версты три..».
Далее Нафанаил записал, что «в честь и память благодетельного имени своего сделал в обитель, в соборную церковь дорогие сосуды...»
Когда летом 1966 года при прокладке теплотрассы на территории Санаксаря был обнаружен клад церковной утвари, то обратил на себя внимание большой серебряно-вызолоченный потир (чаша) с богатой инкрустацией и датой «1812 год». Не эту ли чашу подарил адмирал монастырю в честь победы в Отечественной войне, из-за скромности не поставив на ней свою фамилию?
Н. Д. Бантыш-Каменский в своем «Словаре достопамятных людей русской земли» (1836 г.) сообщает, что Ушаков вел в деревне почти отшельнический образ жизни и помогал бедным людям.
В 1953 году Министерство обороны СССР произвело обновление надмогильных сооружений. В новое оформление включен и старинный памятник со следующей надписью: «Здесь покоится прах его высокопревосходительства и высокопочтенного боярина флота, адмирала разных российских и иностранных орденов кавалера Федора Федоровича Ушакова, скончавшегося 1817 года, сентября, 4 дня, на 74 году от рождения»
Могила Адмирала Ф.Ф. Ушакова
На задней стороне памятника написано: «Посвящает сей малый знак своей благодарности племянник, капитан-лейтенант Федор Иванович Ушаков» От Ф. И. Ушакова продолжается и поныне род Ушаковых. Бюст Ф. Ф. Ушакова, установленный на памятнике, выполнен по его черепу скульптором -антропологом М. М. Герасимовым. Благодарные потомки чтят память великого флотоводца. В российском военном флоте один из броненосцев носил имя «Адмирал Ушаков», команда которого гордилась этим наименованием. «Адмирал Ушаков» храбро сражался в русско-японскую войну 1904—1905 гг. и погиб в неравном бою.
Советское правительство в 1944 году, в грозное военное время, учредило орден и медаль Ушакова.
В советском Военно-Морском Флоте один из крейсеров также носит название «Адмирал Ушаков» Именем прославленного адмирала названы морские учебные заведения в Санкт-Петербурге и Херсоне, площадь в Севастополе, улицы в Херсоне, Темникове и Саранске. В Темниковском районе имя Ушакова присвоено поселку, образовавшемуся рядом с. Алексеевкой.
Многочисленные экскурсии и отдельные туристы каждое лето посещают могилу Ушакова и возлагают на нее венки и цветы.