Ушаков сделал все от него зависящее, чтобы, не отвлекаясь римскими делами, идти, наконец, к Мальте. Но что было делать с турками? Матросы Кадыр-бея взбунтовались и грозили выбросить за борт всех своих офицеров и самого Кадыр-бея. Они заявляли, что им надоело воевать так долго и так далеко от Турции. А тут еще прибавились события, очень ускорившие уход турецкой эскадры.

Жаловавшиеся на «скуку» турецкие матросы время от времени пробовали с ней бороться, грабя при случае жителей Палермо. Но тут коса нашла на камень: сицилийцы оказались весьма оперативными в самозащите; произошло большое побоище на берегу, причем турки были жесточайше поколочены: четырнадцать человек у них было убито, пятьдесят три ранено и сорок человек пропало без вести.

Это происшествие произвело на поколоченных турецких матросов настолько отрицательное впечатление, что они определенно заявили своему начальству о своем непреложном решении отправиться поскорее домой.

Перепуганный насмерть Кадыр-бей явился в Палермо к Ушакову и умолял его восстановить дисциплину. Ушаков отправился на турецкую эскадру и восстановил порядок, но длительных результатов добиться не мог. Дело в том, что и турецкие морские офицеры, не весьма далеко ушедшие от своих подчиненных в понимании дисциплины и воинского долга, тоже «соскучились» воевать под верховным командованием русского адмирала. Ни ограбить богатые Ионические острова Ушаков им не дал, ни перехватывать на море зазевавшихся «купцов» под нейтральным флагом не позволял, ни насильничать в Палермо не разрешал; никакой радости для них от этой экспедиции не было и впредь не предвиделось. А в Константинополе тоже сообразили, что если даже от освобождения Ионических островов никакой реальной пользы Турция не получила, то уж подавно ничего не получит от действий в Италии. Поэтому едва ли взбунтовавшиеся турецкие матросы могли очень бояться гнева своего правительства. Турецкая эскадра ушла «самовольно» к себе домой. Ушаков должен был, по настоятельной просьбе короля Фердинанда, идти с оставшимися у него кораблями из Палермо в Неаполь, где слишком уж бушевала (с самого конца июня) и грабила чернь, которая, разохотившись, нападала уже не только на «якобинцев», а на всех, у кого можно было чем-либо поживиться.

Ушаков прибыл в Неаполь и высадил 800 человек морской пехоты и матросов под командой полковника Скипора и лейтенанта Петра Ивановича Балабина для похода на Рим. Прослышав о приближении. к Риму отряда Скипора и Балабина, Гарнье, несмотря на свои победы как над неаполитанцами, так и над австрийцами, согласился начать переговоры о капитуляции гарнизона. 16 сентября капитуляция была подписана командующим неаполитанской армией маршалом Буркардом и капитаном Траубриджем — командиром британского линейного корабля, пришедшего в Чивита-Веккию.

По условиям капитуляции французы получали право свободно выйти из города не только с оружием, но и со всеми награбленными ими вещами и богатствами. Ушаков узнал, что Буркард, действуя явно с согласия кардинала Руффо, просто решил выпустить французов с оружием и обязался даже переправить их, куда они захотят. Это давало французам полную возможность немедленно отправиться в Северную Италию воевать против суворовской армии. Самим же неаполитанцам ничего не нужно было, кроме возможности войти в Рим и в усиленных темпах продолжать (но уже в свою пользу) производившееся так долго французами систематическое ограбление римского населения.

Уже 15 сентября 1799 г., накануне формально подписанной капитуляции Рима, Ушаков с возмущением укорял Траубриджа за дозволение французам спокойно, со всем вооружением уйти из Рима, Чивита-Веккии, из Гаэты, и, не зная еще о совершившихся фактах, Ушаков требовал, чтобы Траубридж продолжал с моря блокировать Чивита-Веккию, потому что иначе освобожденные французы — «сикурс (помощь) непосредственный и немаловажный» для французской армии, сражающейся на севере против Суворова.

Англичане не только освободили французские войска, но и стали с полной готовностью перевозить их на Корсику, откуда уже рукой подать было до суворовских позиций в Северной Италии... Случилось именно то, чего опасался и на что негодовал Ушаков.

Скипор и Балабин получили от Ушакова приказ возвратиться в Неаполь, не продолжая похода к Риму. Кардинал Руффо немедленно написал адмиралу Ушакову письмо, умоляя его не возвращать русский отряд в Неаполь, во-первых потому, что французы согласились уйти только под влиянием известий о приближении русских, а во-вторых, потому, что если русские не войдут в Рим, то «невозможно будет спасти Рим от грабежа и установить в нем добрый порядок». Мало. того, кардинал Руффо решил уж пойти на полную откровенность и признался, что «без российских войск королевские (неаполитанские) подвержены будут великой опасности и возможно отступят назад».

Ушаков снова приказал Скипору и Балабину идти в Рим. 30 сентября 1799 г. в первый раз за историю Рима русские войска вступили в «вечный город».

Ликование римского населения объясняется весьма простой причиной: в городе уже начали хозяйничать монархистско-бандитские шайки кардинала Руффо, снискавшие себе такую специфическую славу, что именно с этой поры в английский язык вошло новое слово «руффианец», the ruffian, для обозначения грабителя и громилы. Приход безукоризненно державших себя, дисциплинированных русских войск спас Рим от грозивших ему ужасов. «В Риме сил никаких важных не остается, кроме неодетых и нерегулярных войск... а только составляют важность наши войска под командой моей, состоящие в Риме»,—доносил Скипор Ушакову.

В Риме могло повториться в меньших размерах то, что произошло в Неаполе: неаполитанский сброд, очень трусливый в бою, был неукротим в насилиях и грабежах. Но здесь все эти эксцессы монархической неаполитанской черни были прекращены с самого начала, и пока русский отряд был в городе, римские республиканцы и все вообще подозреваемые в «якобинстве» могли быть спокойны.

Отряд Скипора и Балабина, пробыв некоторое время в Риме, вернулся к эскадре Ушакова в Неаполь.

Так закончились военные действия Ушакова и его моряков в неаполитанских водах и на суше. Но политическое действие трактата о помощи России королевству Обеих Сицилий продолжалось. Этот договор был подписан еще 29 ноября 1798 г. в Петербурге. Со стороны короля неаполитанского договор подписал посол маркиз де Серра-Каприола, со стороны Павла I — Безбородко, Кочубей и Растопчин. Ссылаясь на этот договор, Фердинанд выпросил у Ушакова в самом конце 1799 г. при уходе русской эскадры, чтобы тот еще на некоторое время оставил в Неаполе Белли с его отрядом.