Отойдя от Кефалонии, Ушаков направился к о. Корфу, но уже в пути получил известие, которое заставило его внезапно изменить маршрут и двинуться не к Корфу, а к о. Св. Мавры. Известие пришло от капитана I ранга Дмитрия Николаевича Сенявина, которого Ушаков отправил к о. Св. Мавры, еще находясь на о. Занте. Сенявину было поручено овладеть островом, но теперь Сенявин извещал адмирала о встретившихся серьезных трудностях. Отрядив часть своих сил к о. Корфу для подкрепления блокады острова (уже начатой), Ушаков с четырьмя русскими судами (2 линейных корабля и 2 фрегата) и тремя турецкими (2 линейных корабля и фрегат) пошел к о. Св. Мавры.

Сенявин немедленно ввел его в курс дела. Во-первых, оказалось, что французский гарнизон намерен серьезно сопротивляться, имеет сильную артиллерию и засел в крепости, очень хорошо защищенной со всех сторон большими водными преградами. Во-вторых, внезапно возникло очень неприятное осложнение: Али-паша-Янинский — юридически представитель и чиновник Порты, а фактически самостоятельный властитель части Эпира и части Албании — вошел в тайные сношения с французским комендантом о. Св. Мавры, полковником Миолеттом, обещая последнему за сдачу 30 000 червонцев и немедленное отправление всего французского гарнизона в Анкону или любой другой порт, находящийся во власти Франции. Одновременно Али-паша подослал лазутчиков к влиятельным жителям острова, обещая им полную безопасность и всякие блага.

Конечно, Али-паша хотел захватить остров (отделенный совсем узеньким проливом — в «пятьсот шагов» ширины — от албанского берега, принадлежавшего уже Янинскому паше) лично для себя. Но поскольку этот паша «числился» все-таки на турецкой службе и в подчинении у султана, он делал вид, будто старается в пользу союзников, которые поэтому должны ему помогать, а не мешать.

Ушаков решил во что бы то ни стало как можно скорее овладеть о. Св. Мавры. Еще до прибытия Ушакова Сенявин энергично обстреливал крепость с ближайшей горы и с албанского берега, где он устроил батарею. Следует заметить, что узкий пролив, отделяющий о. Св. Мавры от албанского берега, очень мелок, и местами его можно было переходить вброд.

Все это заставляло Ушакова очень серьезно обдумать обстановку, создавшуюся в связи с происками Али-паши.

Положение французского гарнизона, поскольку выручки ниоткуда не предвиделось, становилось безвыходным. Оно было таким, собственно, с первого момента появления Ушакова в этих водах; если до высадки Сенявина еще возможно было рассчитывать уйти с острова на судах, которые обещал дать Али-паша, то теперь, когда русские уже высадились и бомбардировали крепость, о реальной помощи со стороны Янинского паши нечего было и думать.

Французы дали знать, что они согласны сдаться, если Ушаков их отправит в Анкону на своих судах. Но адмирал категорически отказал. Осада продолжалась. К Сенявину явились «старшины» острова, заявившие, что они собрали 8000 вооруженных добровольцев и просят позволения принять участие в готовящемся штурме крепости. Однако до штурма дело не дошло. 1 ноября над французской цитаделью был поднят белый флаг. Все условия русского командования были приняты. Гарнизон в составе 46 офицеров и 466 солдат был объявлен военнопленным. В крепости было взято 2 знамени, 59 пушек, много боевых запасов и на месяц провизии.

Но раньше, чем продолжать свое победоносное продвижение, Ушакову необходимо было принять к серьезному соображению подозрительные махинации и прямые угрозы безопасности Ионических островов, исходившие с западного побережья Балканского полуострова от самого могучего из тамошних турецких сатрапов — Али-паши Янинского.