Еще до ухода от берегов Занте адмирал получил известие, что отправленный им для овладения о. Кефалония капитан 2 ранга И. С. Поскочин успешно выполнил 17 октября 1798 г. свое поручение.
Еще до прибытия Поскочина к о. Кефалония жители этого острова восстали против французов, и то есть, очистив берега, бросили батареи и бежали в крепость. Но им не удалось укрыться. Посланный Поскочиным отряд перехватил французов и взял их в плен.
23 октября о. Кефалония посетил Ушаков. Население встретило адмирала с таким же ликованием, как и на других островах. К нему привели взятого в плен вместе со всем гарнизоном французского коменданта Кефалонии Ройе. Француз «изъявил главнокомандующему чувствительнейшую свою благодарность за вежливое и человеколюбивое обхождение капитана Поскочина, которого он назвал избавителем, защитившим как его самого, так и всех французов от мщения цефалониотов (кефалонитов)». Ройе утверждал, что греки грубо с ним обошлись еще до прибытия эскадры: «Ежели бы не усилия великодушного сего офицера (Поскочина), подвергнулись бы мы, конечно, неминуемой и поносной смерти…» Ушаков отвечал: «Вы все называете себя образованными людьми, но деяния ваши не таковы... Вы сами виновники ваших бед...» Ушаков намекал на постоянные грабежи и безобразные насилия французских оккупантов над жителями островов, возбудившие такую ненависть к французам. Очень характерно, что Ушаков укорял Ройе не за то, что тот служит «безбожной республике», а за то, что он очень плохо ей служит. «Я вел себя, как следует исправному французскому офицеру»,— сказал Ройе. «А я вам докажу, что нет,— возразил Ушаков.— Вы поздно взялись укреплять вверенный вам остров, вы не сделали нам никакого сопротивления, не выстрелили ни из одного орудия, не заклепали ни одной пушки».
Общее настроение Ушакова выяснилось вполне после его прибытия в Кефалонию. Организовав сразу и здесь нечто вроде самоуправления, то есть немедленно избрав несколько постоянных жителей острова (причем адмирал привлекал также и крестьян), которым поручалось на первых порах поддерживать порядок и подготовить организацию выборов в местный совет, Ушаков незамедлительно должен был разрешить очень важный вопрос. На Кефалонии и на Итаке французская оккупация оставила больше следов, чем на островах Цериго и Занте.
Благородная натура Ушакова больше всего сказалась при освобождении Ионических островов именно в настойчивом стремлении оградить «якобинцев», то есть жителей островов, которые были дружественно настроены по отношению к французам, от всяких обид и притеснений со стороны их соотечественников. «Как мы всех бывших в погрешностях по таковым делам (в сочувствии к французам) простили и всех островских жителей между собою примирили, потому и имения от них или от родственников их отбирать не надлежит», — повеление Ушакова от 26 ноября 1798 г. Если же кто провинился «в весьма тяжких преступлениях», то его надлежит судить судом выборных от населения судей «обще с комиссией нашей», назначенной от адмирала. А вот и инструкция этому суду, даже над «весьма важными» преступниками: «Но за всем тем полагаю лучше все, что можно, простить, нежели наказать, а особо, чтобы в числе виновных безвинные родственники их не страдали», И еще и еще настаивает Ушаков: «обо всех таковых решение делать справедливое и всевозможно стараться избегать напрасной обиды и притеснений, о чем наистрожаише делать рассмотрение, дабы какой-либо несправедливостью не подвергнуть себя суду всевышнего»
Даровав, как и во всех прочих местах, попадавших в его власть, политическую амнистию «якобинцам», Ушаков 28 октября покинул Кефалонию.
Перед отбытием Ушаков «по общему желанию здешних обывателей» он оставил на о. Кефалония небольшой отряд. Он сделал распоряжение о подавлении силой беспорядков, если таковые произойдут, но прибавил: «Однако по доброму ко мне расположению и благоприятству всех здешних жителей такового неприятного дела случиться и не ожидаю. Уверен, что всякий, восчувствовав наши благодеяния, приятство и истинное желание всем жителям совершенных благ и спокоя, будут стараться исполнять все то, что сим». Никаких «ослушаний» на Кефалонии не произошло.
