7 января 1800 г. Ушаков, покинув Италию, пришел со своей эскадрой к о. Корфу. Военные действия русского флота в Средиземном море окончились.

Отряды кораблей, действовавших вокруг Италии, возвратились в Корфу. После длительных походов и боевых действий нужно было сделать ремонт кораблей и привести эскадру в полный порядок, прежде чем идти в Севастополь.

С 7 января до 6 июля 1800 г. Ушаков пробыл на Корфу. Эти месяцы были периодом сплошного триумфа. «Спасителю всех Ионийских островов» — значилось на медали с портретом Ушакова, которую выбили на о. Кефалония. В многочисленных грамотах (от о. Занте и других) восхвалялись дела русского флотоводца, выражалась ему благодарность за великодушие и за избавление населения от иноземных завоевателей.

Но нелегко было на душе у адмирала. Он увидел, что заслуги его моряков и его собственные не оценены по достоинству. Не только в недостаточности наград, в небрежности и скупости правительства было дело. Изменчивая политика неуравновешенного, действовавшего порывами Павла I направлялась в 1800 г. уже по совсем иному руслу. Вчерашние друзья и союзники становились противниками, вчерашний враг понемногу превращался в союзника, и подвиги Суворова на суше я успехи Ушакова на Средиземном море постепенно утрачивали свое значение в глазах двора и правительственных сановников.

Ушаков видел, что он и его экспедиция уже мало кого интересуют в Петербурге, и это его явно волновало и обижало.

Выйдя из Корфу 5 июля, основная часть эскадры Ушакова в составе 11 линейных кораблей, 2 авизо, 1 транспорта и 3 других судов прибыла в Севастополь только 26 октября 1800 года. Движению эскадры мешали сильные ветры. Несколько позднее возвратились отряды, которыми командовали А.А. Сорокин и Н.Д. Войнович.

По возвращении в Севастополь он продолжал превращать этот порт в первоклассную (по тому времени) крепость.

Ночью 11 марта 1801 года заговорщиками был убит Император Павел I.

На Российский престол взошел его сын Александр I. Политика России менялась. Высокопоставленные чиновники использовали против Ушакова организацию им на Ионических островах республики. Этот факт они преподнесли царю как крамолу, как опасность для императорского трона, И Ушаков попал в немилость. Его перевели с Черного моря поближе к недремлющему оку его врагов. В Петербург, командовать гребным флотом, к тому времени уже снимавшимся с вооружения.

Это был большой удар. Ушакову, всю свою жизнь связанному с флотом, создавшему боевой Черноморский флот, не хотел покидать родную стихию, и он скрепя сердце переехал в Петербург. Но и здесь в течение 5 лет продолжал, как родной отец, заботится о матросах.

При Дворе возобладало мнение о ненужности большого флота для «сухопутной» России. Тогдашний морской министр высказывался о флоте, что «он есть обременительная роскошь», а другой деятель морского ведомства писал: «России нельзя быть в числе первенствующих морских держав, да в том и не представляется ни пользы, ни надобности». В 1804 году Федор Федорович составил подробнейшую записку о своем служении Российскому флоту, в которой подытоживал свою деятельность: «Благодарение Богу, при всех означенных боях с неприятелем и во всю бытность онаго флота под моим начальством на море, сохранением Всевысочайшей Благости ни одно судно из онаго не потеряно и пленными ни один человек из наших служителей неприятелю не достался».

Глубоко обиженный пренебрежением к флоту, бездарностью и консерватизмом адмиралтейских чинуш, Ушаков, видя, что флот приходит в упадок, и бессильный помешать этому, ссылаясь, как он писал тогда, «на телесную и душевную болезнь», подал в отставку.

Но слава Ушакова в народе, любовь к нему моряков оказали свое влияние, и Александр I 17 января 1807 года подписал Указ не просто об отставке, а о почетной отставке «с ношением мундира и полным жалованием». Не мог он обойти молчанием и заслуги Ушакова.

В Указе Адмиралтейств-коллегии от 4 июля 1807 года были перечислены все заслуги адмирала, все его наиболее важные боевые операции, победы и походы.

Ушаков был награжден орденами Владимира IV, III и II степени, Георгия Победоносца IV и II степени, Александра Невского и бриллиантовыми знаками к нему, орденом Иоанна Иерусалимского. Турецкий султан наградил Ушакова двумя алмазными челенгами, одной табакеркой с бриллиантами, а другой с алмазами. Сенат Семи Ионических островов вручил Ушакове золотую шпагу с алмазами, островитяне о. Занте – золотую шпагу, украшенную арматурой на военные темы и лаврами. От граждан острова Кефалония и Итака были преподнесены золотые медали с выбитыми на них словам благодарности.

Заканчивая службу, 17 декабря 1806 года, Федор Федорович решил поднести в дар Отечеству алмазный челенг и пять медных пушек с припасами, пожалованных ему турецким султаном, а также две тысячи рублей . Узнав об этом, Александр I через Петербургского губернского предводителя дворянства обер-камергера графа А. С. Строганова просил передать адмиралу слова благодарности и вернуть челенг. В записке к Строганову он писал: «Отдавая полную справедливость благородным чувствованиям к такому пожертвованию его побудившим, почитаю я, что сей знак сохранен должен быть в потомстве его памятником подвигов на водах Средиземного моря им оказанных. Посему и желаю я, чтобы вы объявили адмиралу Ушакову благодарность мою за столь знаменитое пожертвование, возвратили ему сию вещь, которая отныне будет свидетельствовать сверх военных его подвигах и примерное поревнование ко благу любезного Отечества».

К сожалению, не сохранились не только все эти награды, но и какие-либо следы их.

Уйдя в отставку, Ушаков более трех лет жил в своем доме 4-й части Измайловского полка в Петербурге. Но и здесь, после отставки, ему не было покоя от чванливых адмиралтейских чинуш.

В 1811 году совершает поездку в Севастополь по личным делам и в этом же году переезжает в родительский дом в Алексеевку Темниковского уезда, Тамбовской губернии.

Здесь он и дожил свои последние годы.