1 сентября Ушаков, уже пришедший в Галлиполи, принял Кадир-бея и знакомился со вспомогательной турецкой эскадрой. Кадир-паша, ставший в подчинение по отношению к Ушакову, имел под своим начальством шесть линейных кораблей, восемь фрегатов и четырнадцать канонерских лодок. Таким образом, численностью турецкая эскадра превосходила русскую, но боеспособностью неизмеримо уступала ей. Не все корабли турецкой эскадры пошли непосредственно вместе с Ушаковым, а только четыре двухдечных корабля, шесть фрегатов и четыре корвета, а остальные пока остались в Дарданеллах для охраны пролива.
28 сентября 1798 г. Ушаков подошел к о. Цериго. В тот же день с фрегатов «Григорий Великия Армении» и «Счастливый» на остров был высажен десант, который занял крепость Св. Николая. Французы укрылись в крепости Капсала. 1 октября эта крепость подверглась комбинированной атаке со стороны десанта, трех русских фрегатов и одного авизо. Французы сопротивлялись упорно, но не очень долго. Подавленный мощью, артиллерийского огня и стремительностью атаки, французский гарнизон уже через несколько часов принужден был вывесить белые флаги. Ушаков поставил мягкие условия: французов отпускали «на честное слово» (не сражаться в эту войну против России), и им позволено было выехать в Анкону, занятую тогда французским гарнизоном, или в Марсель.
Здесь Ушаков впервые начал осуществлять план, который он, по-видимому, наметил еще до открытия военных действий. Население встретило русских с необычайным радушием, и Ушаков своим первым же распоряжением еще усилил эти благожелательные чувства: он объявил, что поручает управление о. Цериго, попавшим в его власть, лицам «из выборных обществом дворян и из лучших обывателей и граждан, общими голосами признанных способными к управлению народом». Острову давалось местное самоуправление, причем выборы на первых порах ограничивались двумя классами: дворян и торгового люда (купцов, судовладельцев, домовладельцев). Конечно, это самоуправление было подчинено верховной власти адмирала Ушакова, но, по обстоятельствам времени и места, самоуправление с правом поддерживать порядок своими силами, с правом иметь собственную полицию, с охраной личности и собственности.
13 октября 1798 г. Ушаков от о. Цербяго перешел со своим флотом к о. Занте. Французский гарнизон засел в крепости на крутой горе и, кроме того, выстроил несколько батарей на берегу. Ушаков приказал капитан-лейтенанту Шостаку разгромить батареи и высадить, десант. Для этой операции были выделены два фрегата и гребные суда. После оживленной перестрелки Шостак сбил батареи и начал высадку десанта. Жители острова толпами стали сбегаться к берегу, восторженно приветствуя русские войска. Произошло, правда, некоторое замешательство, когда вместе с русскими стали высаживаться и турки, потому что греки ненавидели и боялись турок еще больше, чем французов. Но уже очень скоро они сообразили, что главой предприятия является Ушаков, и успокоились.
Наступал вечер, а оставалось еще самое трудное дело — взять крепость. Орудия, палившие с русских кораблей по крепости, ничего поделать не могли, так как ядра не долетали. Капитан-лейтенант Шостак послал в крепость к французскому коменданту полковнику Люкасу парламентера с требованием немедленной сдачи. Люкас отказал. Тогда Ушаков приказал десанту штурмовать высоту, на которой располагалась крепость, Солдаты и моряки, окруженные толпами жителей, освещавших путь фонариками, двинулись к крепости под предводительством капитан-лейтенанта Шостака. Но тут из крепости вышел комендант Люкас, изъявивший желание договориться с русским командованием о сдаче. Боясь, что население растерзает его, если он появится во французском мундире, Люкас явился переодетым в штатское.
Шел уже одиннадцатый час ночи, когда Люкас встретился с Шостаком в доме одного из старшин города, грека Макри, Шостак обещал в 8 часов утра выпустить из крепости с воинскими почестями французский гарнизон, который сдастся в плен и сдаст все свое оружие. Имущество у французов было обещано не отнимать, но они должны были возвратить все награбленное у населения. Русские обязались не преследовать тех, кто стал в свое время на сторону французов.
14 октября состоялась сдача гарнизона, и над крепостью был поднят русский флаг. Комендант, 444 солдата и 46 офицеров с очень большим трудом были отправлены к Ушакову на корабли,— разъяренный народ хотел отбить их и растерзать.
На русских кораблях с пленными французами обращались прекрасно; тем же из них, кто попал на суда Кадыр-бея, довелось вынести все муки галерных невольников. В конце концов пленные были отправлены в Константинополь, а восемнадцати семейным офицерам Ушаков разрешил выехать с семьями в Анкону, занятую тогда французами.
15 октября Ушаков при звоне церковных колоколов, встреченный криками и приветствиями громадной толпы, высадился на берег. Во время шествия русских им из окон бросали цветы. Солдат и моряков угощали вином и сладостями, на домах вывешены были ковры, шелковые материи, флаги. «Матери, имея слезы радости, выносили детей своих и заставляли целовать руки наших офицеров и герб российский на солдатских сумках. Из деревень скопилось до 5000 вооруженных поселян: они толпами ходили по городу, нося на шестах белый флаг с Андреевским крестом». Все это ликование совсем не нравилось туркам, которые «неохотно взирали на сию чистосердечную и взаимную привязанность двух единоверных народов». Но дальше чувства населения Занте выразились еще боле недвусмысленно.
Уже через четыре дня, 19 октября 1798 г., Ушаков предоставил «дворянам и мещанам» острова Занте и других Ионических островов «избрать по равному числу судей, сколько заблагорассудится, для рассмотрения дел политических и гражданских, сходно обыкновенным правилам и заповедям божиим. Буде ваши судьи в рассматривании дел преступят путь правосудия и добродетели, имеете право на их место избрать других. Вы можете также общим советом давать паспорты вашим единоземцам за печатью вашего острова».
Оставив на Занте небольшой гарнизон, Ушаков отправился дальше к о. Корфу.
