Поскольку Мордовский заповедник лесной, наибольшее внимание привлекает состояние лесных экосистем.

В природном комплексе заповедника существуют как естественные сообщества, так и восстанавливающиеся на местах прежних рубок, пашен и других участков хозяйственного использования. Наибольшую ценность представляют первые, хотя и вторые интересны для изучения в условиях заповедности длительных сукцессии во вторичных лесах разного происхождения.

В заповеднике доминируют сосновые леса, среди которых наиболее устойчивы лишайниковые сосняки. Сформировавшиеся на глубоких песках с относительно постоянными условиями увлажнения, они хорошо самовозобновляются, имея разновозрастный древостой. Продуктивность поколений сосны последовательно возрастает, и это позволяет предположить, что эти островки сосняков еще долго сохранятся. Наиболее типичны сукцессии сосновых насаждений по схемам: сосна — липа, сосна — дуб, сосна — ель, сосна — береза.

Среди геоботаников нет единого мнения о коренной для данной природной зоны породе — липе и дубе. Для заповедника характерна смена сосны липой. Выделенные ключевые участки отражают разные стадии процесса — от самой начальной, с липовым подростом кустарниковой формы, до полной смены пока еще на небольших участках. В ближайшие 70—80 лет липовые леса будут занимать в заповеднике значительные площади. Второй тип сук-цессий — замена сосны дубом — носит куртинный характер, происходит на небольших участках и преимущественно в западной, реже — в центральной части заповедника.

Столь неравноценное участие липы и дуба в биоценозах поддерживается в какой-то степени копытными животными. Липа не поедается копытными, хорошо размножается порослью. Дуб, наоборот, интенсивно поедается лосями, маралами, пятнистыми оленями, зубрами, зайцами. Особенно пагубно влияют «вселенцы» — марал, пятнистый олень и зубр. Растительность заповедника, в частности дуб как ее компонент, раньше не испытывала такого пресса: годичный прирост дубков сейчас объедается, обгладывается кора с более крупного подроста. Вместе с дубом страдает его спутник — вяз, а также и характерный компонент широколиственных лесов — бересклет бородавчатый.

В дубравах пойменного комплекса деревья, достигшие предельного возраста, отмирают. Есть участки молодняков, которым уже не опасны копытные животные. Вместе с тем снижается жизненность дуба более молодых поколений в вязо-дубовых ценозах в связи с голландской болезнью, охватившей многие области Европы.

Еловые леса распространены главным образом вдоль речек. Значительна примесь ели в смешанных лесах, иногда она внедряется в сосняки, особенно в условиях грядово-холмистого рельефа, на песках в центральной части заповедника. Состояние ели подчиненных ярусов позволяет предполагать возможную временную замену сосны елью. В 1976—1983 гг. ель достигла расцвета после засухи 1972 г. Холодная и дождливая погода этих лет обусловила массовые всходы, их высокую жизненность в первом десятилетии. Однако площадь ельников в будущем не расширится.

Сукцессионный процесс замены сосны березой характерен для водораздельной территории. Если в условиях удовлетворительного дренажа или по другим причинам сосняки-долгомошники не заболачиваются, то под пологом столетних (а иногда и старше) сосен появляется подрост березы пушистой, Однако, с другой стороны, появление подроста может свидетельствовать об обратном процессе — о заболачивании долгомошника.

В ходе естественных сукцессионных процессов существенные изменения вносят стихийные явления, прежде всего лесные пожары. В этих случаях; на месте гарей возобновляется незональный тип леса (липа или дуб), чаще всего осина и береза, а на грядах и холмах — сосна.

В связи с голландской болезнью вяза в условиях более длительной поемности липа не приживается, и появляются олуговения бывших тенистых насаждений вяза: вытеснение крупного разнотравья (таволги вязолистной, крапивы, бодяка полевого и др.) злаками (двукисточником, вейником сероватым) и их спутниками (вероникой длиннолистной, вербейником обыкновенным). Пойменные луга, используемые как хозяйственные сенокосные угодья и преобразованные в прошлом человеком, могут при естественном ходе процессов превратиться в пойменные дубравы.

«Обогащение» фауны заповедника новыми видами животных нарушило и осложнило естественные экологические связи в природном комплексе заповедника. Сравнительно длительная акклиматизация зубра, пятнистого оленя, марала потребует значительных усилий и времени для резкого сокращения числа или полного вытеснения непродуманных вселенцев. Уже сейчас в результате регулирования (уменьшения) численности этих крупных копытных улучшилось состояние подроста вяза, дуба и бересклета.